總政治部所屬的「聯絡部」，則是一個獨立且不折不扣的反情報組織。

聯絡部原名「敵工部」，也就是展開對敵工作的一個單位，除了已得知的4個分支單位外，聯絡部在廣州及上海也秘密的設有分局，其工作專以針對台灣之軍隊事務為重點。多次出手立功破獲「台諜」的，就是來自這個機密單位的指導。 

根據最新的情報指出，在上海的聯絡部分局，是專以研究台灣軍隊事務的專業單位，其中對於我國軍上校以上的單位主官，均列有極詳細的電腦資料。其中除了最基本的出生日期、籍貫、學經歷之外，對於個人的一般生活狀況、居住現址，甚至是所能獲得的私生活狀況，均是這個單位所要處理的工作，而且每隔15天便進行一次系統校正。 

由於國軍上校級主官正是作戰體系的指揮主力，例如陸軍的旅長、海軍的艦長或高級參謀、空軍之飛行或基勤、保修等之大隊長等，因此相當值的國軍反情報單位的關切。 

此外，總政治部聯絡部的人員也在總參謀部第二部的技術支援下，獲得不少偽造的極為精確的第三國護照，紛紛派駐至相關國家，以進行情報或反情報的工作，但在人數上並不如其他專業之情報系統，僅有部份派駐重點國家。 

至於派遣來台的人員，則多半是以華僑回國經商、就學等名義進行滯留，由中國相關單位的情報顯示，派遣來台所持有的護照又以韓國、日本、新加坡、泰國、印尼、加拿大、巴西等國最多，這可由近年來國際上所破獲的中國大陸人民使用偽造證件的國籍別加以統計證明。