兩國論（註一）引發的效應，在軍事行動上呈現的最清楚。目前任職中國軍事科學院下屬機關的李文龍回憶當時氣氛時，仍相當激動的比手劃腳的批判前總統李登輝「就是要搞獨立！就是要當倭矮子！就是要當民族罪人！這口氣我們哪忍得住！」
李文龍說，「那時我還在單位裡，就在路橋，首長一句『誓死保衛祖國完整』就讓大家對李登輝恨之入骨，連續好幾天我們都是一起飛就直接在台灣海峽上空集合、編隊、宣示主權，讓你們台灣領導人看清楚、分清楚，什麼才是『祖國』。」
「說到這，我還是要對你們的空軍和海軍拍個手，你們空軍IDF確實訓練的不錯，連我們首長都說你們在戰術運用上是佔優勢的，我們只有兵力是贏過你們。還有就是你們海軍那種叫什麼『派里艦』的（指國軍『成功』級艦），動不動就會用雷達鎖我們，讓我們屁股挺癢的…」
事實上，在「兩國論」期間，海峽中線（註二）確實遭到中國大陸強力壓縮，以兵力實質上壓迫台灣的戰略縱深。行政院專為台海危機設立的「永固小組」，也多次開會。當時國防部的考量是，共軍例行軍演的科目隨時可以調整，或是誇大演訓內容來蠱惑台灣民心，國防部若是把話說的太過篤定，共軍隔日便可略做調整，目的就是刻意讓國防部難堪。
因此，國防部於七月十三日成立「永安小組」，並擬妥十三個應變方案。也就是俗稱的「永安十三拳」。
就在成立「永安小組」的同一天，中共海軍在舟山群島進行「藍鯨五號」對抗的例行演訓。殲七與殲八戰機出海十五至三十浬，依其偵巡路線飛行。但國防部當時的研判，中共針對台海軍演的可能性相當低，主要的考量是：
準備十一國慶閱兵。
國際情勢考量，要用兵力壓縮台海的情況讓美國對台施壓。
中共與美國關係因中共南聯大使館遭美軍誤炸事件，關係降到最低點，美國當然需有所調整，自然必須對台施壓。
中共二線機場戰機並未大兵力轉進至沿岸一線機場，而對台威脅最嚴重的二砲部隊也沒出現不尋常的調動，這些都是九六台海危機時，中共發動飛彈演習的徵候。
換言之，美國必須維持台海穩定關係，必須間接建構台灣與中共重新對話，中共的確沒有必要再進行大規模演習。
倒是「永安小組」所擬的十三個方案，根據國防部文件顯示，這是前總統李登輝於上次台海危機所說十八套應變的縮小修訂版，這些方案都是軍事作戰計劃，中共若攻打小島或是戰機過中線且有「敵意」，軍方一定接戰。中共若是打外島，軍方一定還手。
唐飛在事後接受訪問時也坦承，在美國沒有明確轉達到中共方面的真正意圖前，國軍確實是要往隨時準備作戰的程序走，因為中共戰機出海的頻率和兵力，是兩岸分治半個世紀以來最密集也最大的，當時大家壓力都很大。
事實上，李前總統的「兩國論」一出口，美方高層就認為這事是可做不可說，說出來保證會引發緊張，而且責任在台灣。尤其是一波波中國戰機堅持飛中線大編隊挑釁，而台灣空軍戰機又是擺出一副要打到底的態勢，前三天雙方已發生近十次空中接近，若不介入台海情勢，萬一中共飛行員沒控制好而開火，不管軍事上誰贏，台灣都是輸家，而美國的利益也會大損，於是緊急出面仲裁。
美方「強烈建議」台灣不得採取軍事反應，並把空中巡航範圍限縮到中線以東，國防部也派員前往美國開會，不得已只能同意美方的要求，而這位參與會議的將領，由於被人誤解是接受丟掉半壁江山的民族罪人，在危機結束便打報告退伍，成為代罪羔羊。同樣的，幾乎所有飛行員都不滿於我方沒打就讓出中線以西一半領空，當時的空軍總司令陳肇敏為此還親自前往部隊安撫。
至於海峽中線是不是因「兩國論」而壓縮，影響到台灣的戰略縱深？這個問題，一位曾在空軍作戰司令部（現已改為指揮部）及國防部作戰中心（衡山指揮所）擔任要職的退役中將就表示，「其實，國軍的武器投射已經提高很多，海峽還是我們的，是美國方面出面要我們『適當』釋出一點空間給共軍訓練的，剛開始我們也是相當不爽！總認為我們退縮了。」
這位退役將領還說：「當我到作戰部後才發現，其實美國人給了我們許多重要情資，所以老共的飛機一出海，我們幾乎就知道哪幾架是對我們有威脅的，尤其是那幾架可掛攻艦飛彈的。最重要的一點是，我們可以很清楚的知道老共的空中兵力訓練情況，過去他們都躲到內陸玩，現在光明正大在我們的監控範圍內玩，對於瞭解對方的實力真是有正面的效應。不過，只要他們不乖，我們的兵力馬上就會佔位，在戰術上施壓。再不乖乖來，那就不要怪我們的飛彈會把他們一架架幹下來了。」
「另外，上次台海危機時，執高勤的副總長級以上將領，時常要以電話詢問空軍作戰司令部有關中共部隊最新戰情，這種戰情傳遞的落伍程度，讓當時來台的美軍人員感到不可思議，所以這一次將戰情中心已由空軍作戰司令部轉到大直的『橫指所』，這才不會繼續鬧笑話。」
他還說，「經過幾天的過招，老共的把戲也被我們看穿了，所以本島戰備狀況還是介於狀況五與狀況四之間（註三），外島也是依慣例加強戰備，但無論本島或外島，均未提升戰備狀況。」
曾服務於空軍作戰司令部的嚴姓退役中校回憶「兩國論」前後時，表示：「一九九八年他們軍機出海還不到五百架次，而且都在沿岸附近飛行，不會挑戰海峽中心線。但一九九九年七月中旬開始，他們以一般小兵力在海峽中線以西側巡航，擺明蠶食領空，那時派駐到澎湖馬公的『天駒』壓力大到不行。」
已退役的劉姓將領也回憶，「那時『天駒』已經是IDF，論戰力，雙方一交手老共絕對是一面倒，他們的飛行員也很清楚，萬一開幹一定是自殺任務，後來我調衡指所時，還去找出那時我在空中與他們對峙時，對岸飛行員在說什麼。好幾次我聽到他們與地面聯絡的聲音，緊張，甚至有些顫抖。」
由於中方持續以軍事施壓，除了空中兵力，地面部隊也在福建集中，一直到台灣發生九二一大地震，在百姓慘重死傷後，中方顧忌國際輿論才放鬆軍事壓力。但中線以西的主控權，確實已不在台灣的手上。
在狀況開始的前幾天，由於中共兵力調動實在頻繁，就算國防部研判武力衝突的機率不大，但是基本的戰略部署卻如火如荼展開，尤其是肩負收復外島的陸戰隊，更是總動員。陸戰六六師（現已改為六六旅）官兵，負有本島逆登陸的任務，但由於狀況不清，官兵每天有挖不完的立射散兵坑，一連串的快速反應演習和生化演習，旅部和營部也有出不完的任務狀況。
當時在陸戰六六師擔任連部話務的孫正和回憶說，他印象最深刻是旅部下了個電話記錄，嚴格要求所有的軍服、戰鬥靴、皮帶都要重新寫上自己姓名、兵籍號碼、血型，…「就算不明講，大家也應該知道用意。」
他還說：「曾與連長一同參加一場作戰會報才知道，原來陸戰隊的任務真是重大，有些任務不方便透露，總之已準備好反登陸之準備...另外像軍械士、參三忙的不可開交，出公差領彈葯，幫參一任務編組等等，當時將彈葯領出後所有彈夾裝彈、槍枝架槍於連集合場、軍卡集合於團集合場 ..... 每天全副武裝(大武裝)的出任務，也看得出來路旁經過的老百姓，用一種驚訝的眼神看著我們。後來聽九九師的同梯說，他們已在中字號待了好幾天 準備收復離島去打仗了......」
另一方面，負責收復外（離）島的陸戰九九師，在接到作戰命令後立刻編組攻擊部隊，兩棲作戰六大階段已完成了「計畫」、「裝載」兩個動員作為，小兵力已進行第三階段的「預演」及第四階段的「海上運動」。只差「突擊」與「鞏固」這兩個屬於準作戰狀態的階段尚未實施。
曾在九九師擔任上士副排長的江昌吉說，「當時快嚇死了，全連簽制式遺書，真的！連遺書都還有制式的，我們只要簽個名就了事，真不可思議！簽完頂著大太陽全副武裝待命，連長說準備隨時馳援外島！講得跟真的一樣，那時的菜鳥預官輔導長，臉都嚇綠了當場蹲在部隊後面。」
「當晚，全連刺刀集中準備送去開封！哇！這下子真是讓大家嚇到會挫屎！全連集中在中山室，將子彈一顆顆裝入彈匣，有人邊裝邊哭，沒多久還來了個緊急集合，連長說：戰況緊急，要大家有心理準備，等一下可以以排為單位，打電話回家！我告訴你，當晚有很多人打電話都哭到不行。然後睡到半夜，全連集合準備上艦待命。連講話隊形集合完畢，連長親自當帶隊官，我記得他說：『各位弟兄，我們三生有幸在一起，現在國家需要我們去打仗，我連長一定帶各位打勝仗回家！向右轉！齊步走！…告訴你，邊走邊流淚的人一大堆，很多人一直回頭看，就好像是上刑場前再多看一眼美麗的世界一樣…」
「在艦上待命時，前半小時大家都不說話，可是連長很夠種，一直鼓勵我們說要幹就來！跟他們拼了！X的死老共！講幾十年也不敢來，現在要來就來ㄚ，我們大幹一場，至少我們的家人會一輩子懷念我們是為保護他們而犧牲，講了一陣子，許多人又哭了，但這次不是懦弱的淚，而是全連都準備上戰場好好殺敵，真的ㄛ，我沒看過我們這個散漫，被長官戲稱『安非他命連』（曾發生多起違禁藥事件），竟然很有紀律的自動自發開始保養武器裝備。說到這裡，雖然我在開計程車，但我還是很珍惜現在的生活，還要給保家衛國的軍人們多點鼓勵，畢竟當他們面對生死的時候，我們可能還在KTV歡唱。」
陸戰雄師準備為海軍收戰果、為陸軍做前鋒，但空軍是早已在第一線面對隨時會爆發的武裝衝突了，曾是幻象戰機飛行員的李姓退役中校就說：「其實我當軍人以來，應該要算那幾年最精彩，因為前總統李登輝提出『特殊國與國關係』，也就是所謂的『兩國論』以後，對岸的就有了相當偏激的解讀，他們戰機一下子就都以出海演訓為由直逼海峽中線，那一段時間我們幻象戰機的人員並沒有全部換裝，部隊長為了安全起見，都是採能者多勞的方式出任務，我雖然不是能者，但有時常常一天要飛三至四次「CAP（戰鬥空中巡邏）」。
「那年我們隊上開始準備進行『雲母』飛彈實彈射擊前後，對岸的蘇二七戰機突然一批批出海，我記得有一次我飛在澎湖七美上空時，戰管警告我說兩架蘇兩拐『衝著你去！』其實不用戰管說，我在HUD（抬頭顯示器）及RWR（雷達預警接收器）上早就看到警告了，幻象機的性能不是蓋的。」
「當時我問戰管是不是要『來一下』，戰管立即要我『忍一下子，BUSTER爬高再看狀況。』我照辦。但HUD及RWR上仍然看到蘇二七的雷達訊號，其實我當時真的在想，萬一幹起來，我要成為第一個將蘇二七打下來的人，不想將這種機會拱手讓給人多勢眾的F-16。」
李姓退役中校說：「我指示僚機故意來一次向東的轉彎，而且還慢慢的轉，將屁股（機尾）讓他們，希望老共的戰機會認為我們避戰，但顯然他們的地面管制很嚴，這幾架蘇二七在接近中線前就掉頭回航。如果當時打起來，蘇二七根本就沒有打贏的機會，我相信他們地面戰管也知道，其實我們不是怕戰爭，而是怕他們出現誤判，導致兩岸必須兵戎相見，我們不會打輸，只是我們自己國家的復原力…實在值得懷疑。」
「對岸軍頭在喊『首戰即決戰』，其實我們也有因應，我們反而希望有真正『決戰』的機會，如果是這種打法，台灣人安啦！老共打不過我們的啦！」
另一位攔管官何少校也指出，「遇到這狀況的時候，一切是由戰管下令，戰管是由作戰司令部下令，基本上，飛行員並沒有什麼主導權。但對岸也有節制，還不致擦槍走火。」
兩國論餘波盪漾，雖然表面上因九二一大地震而暫緩，但接著而來的兩千年總統大選，卻是由主張台灣獨立的民進黨獲得政權，中共終於忍無可忍，動員兵力再一次大集合出海展示，而且在過程中，已經不在單純以兵力來宣示主權，而是有相當技術的軍事作為。
註一：兩國論
指一九九九年七月九日，時任中華民國總統李登輝接受德國之聲專訪時，對於台灣與中國大陸之關係的一個詮釋。李登輝表示，台灣和中國大陸的關係早就已經是「國家與國家」，或「至少是特殊的國（state）與國的關係」，而非「一合法政府、一叛亂政府」，或「一中央政府、一地方政府」的「一個中國」內部關係。
註二：海峽中線
或稱台海中線，是台灣海峽的一條無形界線，從北緯26度30分、東經121度23分─北緯24度50分、東經119度59分至北緯23度17分、東經117度51分，為一條呈東北-西南走向的圓弧形。該線於1951年由當時的美軍太平洋司令軍官依據中美共同防禦條約單方面建議劃定，所又稱為戴維斯線。
但有關台海中線，中華民國空軍所使用的數據略有不同，是北緯27度、東經122度至北緯23度、東經118度的直線連線。
註三：戰備規定
依規定，本島戰備區分「三階段，五狀況」，即狀況五的經常戰備，狀況四與狀況三的警戒戰備，以及狀況二與狀況一的戰鬥戰備。至於外島則只有兩種戰備，一是經常戰備，一是立即戰備，沒有狀況級數的區分。
