1964年的新竹湖口裝甲兵第一師發生副司令趙志華將軍的譁變事件，雖與蔣緯國無直接關聯，卻因為趙志華是蔣緯國一手提攜的將領，因而嚴重影響其前途和命運。總統蔣介石不再信任他，認為他「不識人」；蔣經國更厭惡他；讓這位留學德國的蔣緯國從此離開部隊未曾再帶兵，中將官階整整掛了15年。 

按當時陸軍總司令劉安祺回憶錄的說法，湖口事件「既不是兵諫，也不是兵變，是裝甲兵副司令一時糊塗而造成的；他對蔣緯國的某項措置不滿。」至於蔣緯國的對於趙志華的解釋，則認為他有「精神分裂」、「很內向」、「受到不公平待遇而不很開朗」，又因想向陸軍總部借3萬台幣買房子但公文被裝甲兵司令郭東暘壓下未往上呈報，乃鋌而走險，在全師裝備檢查時發表談話，號召兵變。 

這次政府遷台以來第一次將領號召譁變的事件，被蔣經國視為謀反案處理，主角趙志華先判死刑後改判無期徒刑，1978年保外就醫，1982年去世。服刑期間，蔣緯國常去探監，照顧其家屬，並為其料理後事。 

其實，當時擔任國家安全會議副秘書長的蔣經國，在湖口事件善後處理工作中扮演了極其重要的角色。蔣介石所了解的事件經過，全由蔣經國向其報告，而相關軍官的處置，也完全採納蔣經國的建議。 

當時包括趙志華上兩級及下兩級的軍官一共約50人，這些一路由美軍及德軍訓練的裝甲兵中、高級軍官，在隨後的整肅中到處貶調，尤其是趙志華為黑龍江人，因此當時東北籍將領普遍被釋兵權，全都「坐冷板凳」。反倒是上前制壓的政工幹部則破格升遷。 

事實上，蔣經國對蔣緯國的排斥主要原因是血緣不同，蔣緯國不是真正蔣家的人，而是被私下說成「冒牌貨」。尤其是出身蘇聯黨工體系的蔣經國，對於蔣緯國洋派的作風相當不滿。 

早在1948年蔣家重修蔣氏宗譜時，蔣經國就曾想將緯國自宗譜中除名，但遭族長及房長反對。只有蔣宋美齡對蔣緯國最好。 

湖口事件一發生，蔣緯國雖不同意上級的處置方式，但在蔣經國強勢主導下也毫無辦法，只能沈默接受命運的安排。蔣家一腳踢開蔣緯國。 

蔣緯國從此整整當了15年的中將，終在1975年晉升上將，出任三軍大學校長兼戰爭學院院長，復歷任聯勤總司令、國防部聯訓部主任。當蔣緯國屆齡退伍後，蔣經國終決定蔣緯國出任只有虛名而無實權的國家安全會議秘書長。