北臺灣的戰略要衝，除山區的陸軍岸砲外，自淡水河口往北海岸富貴角一線，分別部署有飛彈巡邏艦搭載的雄風二型反艦飛彈、岸置雄風二型、三型反艦飛彈陣地、鷹式、天弓二型、愛國者等三型防空飛彈陣地，以及陸軍聯兵旅的岸置交叉火網，在「固安作戰計劃」中，是火力配置最嚴密的海岸線之一。

為因應中國軍隊有可能執行的海上特攻攻擊，海軍飛彈巡邏艦也完成反特攻作戰想定與操演。根據已公開的部分戰術，飛彈快艇在戰備狀況提升時，佈置在河道的目的，就是要在河口形成阻絕，因為當進犯的敵人爭先進入河道時，勢必要放棄各種隊形，而是一窩蜂以最高速度「擠」進來，也正因為敵人在這個階段無法以雷達導引飛彈實施反擊，在加上隊形密集，正好成為擔任防守角色的岸置飛彈、交叉火網及飛彈巡邏艦的攻擊目標。

此外，台灣近年開始面對中國巡弋飛彈威脅，歷年漢光演習都曾將飛彈沿淡水河進襲台北市列為想定之一，或模擬敵艦近迫河口發起攻擊。國防部刻意選在今年公開駐防淡水河口的飛彈快艇部隊，正是海軍飛彈巡邏艦部隊已完成所有課目的想定與操演，展現近岸防衛與快速突擊的戰力。

在海鷗級飛彈快艇仍未除役前，淡水河口飛彈快艇分隊，屬於海軍蘇澳基地的分遣單位，平日部署有2到6艘海鷗級飛彈快艇，各艇搭載2枚雄一型反艦飛彈，其本身沒有配備目標獲得雷達，僅裝置雷達預警器，而統一由隱藏在淡水鎮內的岸置觀通系統指揮調度，避免遭敵艦偵獲。

在海鷗級飛彈快艇除役後，火力空隙則由岸基飛彈彌補。而基隆海軍131指揮部的錦江級飛彈巡邏艦，則是執行機動部防，增加接戰縱深。飛彈巡邏艦時常進行「緊急出港」和「攻船飛彈操演」等反突襲演訓，發揮「快、勇、狠、準」的作戰特性，維護國家安全。